Je ne veux pas dire de connerie, mais il me semble que le PCIe 16 est réservé pour les cartes vidéos alors que les PCIe de plus petite taille sont pour les cartes d'extension diverses et variées.
Sinon le Firewire c'est pour brancher certains types de périphériques comme des disques dur externes etc... c'est un peu comme l'USB2.0 bien que moins répendu.
Après pour la carte mère en elle-même, je ne saurais pas trop te conseiller car j'ai un peu décroché aussi! Mais tu peux aller sur des sites genre Tom's Hardware ou Hardware.fr, il y a souvent des comprartifs.
http://www.hardware.fr/
http://www.tomshardware.fr/index.php?c=1